Jean-Claude Hardouin a été recteur de l'académie de Nice, chancelier des universités de 2004 à 2009.

Après une thèse d'Etat obtenu à Rennes en 1971 et consacré à "Monnaie et croissance: essai sur l’instabilité des systèmes monétaires" et une thèse complémentaire dédiée à l'innovation financière, Jean-Claude Hardouin, également agrégé, est assistant, chargé de cours (1968-1973). Maître-Assistant (1973-1975), à la faculté des sciences économiques de Rennes, il devient professeur des universités à Brest (1976-1978), puis à Rennes 1 en 1978. Doyen de la faculté des sciences économiques de Rennes (1979-1982), il prend la présidence de l'université de 1989 à 1994. Parallèlement ce spécialiste d'économie bancaire et financière est membre du Conseil économique et social régional de Bretagne. Il rejoint en 1995 le cabinet de François Bayrou, ministre de l'Education nationale, de l'Enseignement supérieur et de la Recherche. Il en deviendra plus tard le directeur-adjoint chargé de l’enseignement supérieur.

Il est notamment co-auteur du rapport préparatoire au débat national sur l’avenir de l’école: "Eléments pour un diagnostic sur l’école".

Jean-Claude Hardouin est officier dans l’Ordre des ¨Palmes académiques, Officier dans l’Ordre national du Mérite.